在世界各国,城乡分治只涉及行政建制与辖区划分以及政府组织与职能的繁简,而与居民的身份无关。市民抑或农民,只是一种职业或居住地的标识,并不存在一种行政上的身份管制或迁徙壁垒。在当代中国,却于城乡分治的行政建制基础之上逐步形成了城乡隔离的二元社会。这种社会制度的核心是僵化的、强制性分类的居民身份制度(户籍制度)。不同的身份享受截然不同的社会待遇,它是由一系列具体制度建起来的,包括:户籍制度、粮食供应制度、副食品与燃料供给制度、教育制度、就业制度、医疗制度、养老保险制度、劳动保护制度、人才制度、兵役制度、婚姻制度、生育制度等,上述十几种制度性的城乡差异,将中国农民置于近乎二等公民的境地。个人没有选择职业和居住地的自由,更没有选择居民身份的权利。市民身份(非农业户口)和农民身份(农业户口)是前定的,子女的户口类别随母亲,如果母亲是农业户口,即使父亲是非农业户口而且是家庭收入的主要来源,子女也只能登记为农业户口;即使子女长期随父亲居住在城市,也无缘改变自己的身份。只有政府才能改变一个人的身份,从而决定他一生的命运。这种城乡隔离二元结构下的户籍制度,称得上是地地道道的“中国特色”。它不可避免地成为城市化进程的制度障碍,并带来极其严重的经济和社会后果。尽管改革开放以来,行政建制上的城乡分治变成了城乡合治,在政策的掌握尺度上略有放宽,但是城乡隔离二元社会的基本格局并没有打破。