В Украине детям до 16 лет свой загранпаспорт не положен,правильно Вам сказали в посольстве.То, что Вам сказали в Аэрофлоте,что почти у всех детей есть свои паспорта они имели в виду граждан других стран.В Украине запрещено двойное гражданство.Да, есть некоторы люди,у которых,как у Вашего ребенка 2-й паспорт,если об этом не знают.Попробуйте оформить в посольстве Украины "Проездной документ ребенка".-документ светло-голубого цвета своему ребенку. По нему ребенок может ездить сам, но нужно нотариально заверенное разрешение родителей. Если Вам в посольстве откажут, Вы сможете в свой близжайший приезд в Украину пойти в городской ОВИР и оформить его там. Не говорите о японском паспорте. Только не возникнут ли проблемы с японской визой,когда нужно будет возвращаться в Японию.