jr - japan railways, просто название компании
дома готовить смысла нет, забегаловки и рестораны на каждом углу, и многое из исконно местного просто не приготовите.
проездной если не знаете маршрута на день, то смысла нет, т.к. он действует не на все линии. а карточки действуют на всех.
если 3-4 человека, то такси вполне приемлемо не на большие расстояния, и в киото тоже оправдано, но в токио дорого получится.
все поезда работают примерно с 5 утра и до 1 ночи.
в уэно действительно есть рынок, довольно вонючее место, делать там с туристической точки зрения совершенно нечего. цены как и в супере. там просто улочка с магазинами с барахлом ну и палаток 20-30 со всякой ерундой пристраивается.
жемчуг не на самом рынке, а в магазинах, с пяток там точно есть.
сакура - каждый год одно и тоже )))
я бы не сказал, что в токио потеплело, поэтому думаю застанете, если что, можно пару часиков проехать на север или на запад, там должна будет еще цвести.