Чтобы сделать предоплату нужно написать о допустимости предоплаты в контракте и сделать PI.
Потом, на каждую поставку, делается Инвойс - счёт фактура. Разумеется, на 100% стоимости фактически отгруженных товаров. Каждая партия по своему инвойсу растамаживается.
Что должно срастись:
Сумма переведённых денег (предоплаты + оплаты товаров) = Сумма во всех инвойсах и, соответственно, в ГТД.