Если открыли из файла - то не надо флаттен. Если нужно просто пересохранить файл в другой формат - можно сразу File -> Save as...
Я говорил о вставке скриншота. Я обычно делаю так: нажимаю Alt + PrtSc, потом открываю Фотошоп, File -> New. Он сам предлагает создать картинку размерами под скриншот, обычно. Создаёт. Вставляете (Edit -> Paste, или как там). Только если теперь попытаться сохранить - он даст сохранить только в свой собственный формат PSD. Потому что Фотошоп работает со слоями: каждое последующее Paste, по-умолчанию, вставляется в новый слой. Это удобно для редактирования и всей фигни: можно шуровать туда-сюда между этими слоями, где-то чуть-чуть стереть, и на том месте проглянет нижний слой, и т. д., и т. п. Но: более простые форматы, такие как JPEG, BMP, PNG, и пр., и пр. не поддерживают слоёв, поэтому, чтобы в них сохранить - надо слить слои воедино. Для этого используется Flatten. Я понятно объясняю?