Ещё раз: зачем и почему?
То, что в русском алфавите есть буква "щ" - это ещё не повод. И то, что Зализняк не возражает писать "щ" вместо "ш" - это ещё не аргумент. А от Зализняка, кстати, этого и следовало ждать, т.к. в своём грамматическом очерке он пишет, что श произносится как мягкое ш, но приводит в примере слово "общность" - со звуком щ (!). Похоже, он просто не различает эти звуки.
И мне этого достаточно - в России на данной момент нет более авторитетного мнения, что касается этой части индоевропейских языков, Иванов сбежал, а Топоров молчит, да, впрочем, при возможности надо будет спросить и его. Почему надо? Чтобы
на письме, в книгах разграничить "Шакьямуни" и "Щамбху" от других всяких "с", хотя бы потому, что таким образом, например, захоти я найти слово "Щамбала" в Монье-Вильямсе буду знать на какую букву искать слово. Или же все должны изначально знать - где слились две буквы из саснкрита в одной в русской транскрипции, которая и так замучила с тем, что
диакртитик и всяких там церебрелизаций не передать. Ведь настолько по-уродски выглядит те кириллические шрифты, из которых типа делают "полный боевой компалект": точку под "н", "т", "д", черточку над "а" и "и"...
А я вот вижу разницу и возражаю.
1. Да, из эстетических соображений, ибо щ выговаривается нелегко и портит звучание.
2. Буква щ редкая. Слова, начинающиеся с щ можно по пальцам пересчитать (щас, щастье, щедрый, щегол, щепотка, щи, щипать, щука). С другой стороны буква श достаточно частая: शक्ति शङ्ख शत्रु शब्द शय्या शरण शरद शर शरीर शव शशक शशिन् शाखा शान्ति शावक शास्त्र शिक्षा शिरस् शिशिर शिशु शीतल शील शुक शुक्ल शुचि शुद्ध शुभ शुभ्र शुश्रूषण शून्य शूर शोष शोक श्मशान श्याम श्रद्धा श्रम श्रवण श्री श्लोक श्वन् и много ещё.
3. Сравнивая однокоренные санскритские и русские слова, можно обнаружить, скорее, сходство श с русским "с": शत - сто, शुष्क - сухой, श्वेत - светлый.
4. Название скифов (саксов, саков) на санскрите будет शक, что опять же, скорее, в пользу близости с "с".
5. Напомним, что из Гаутама Будда был из рода этих самых шаков, за что его прозвали Шакьямуни (शाक्यमुनि). Да и Шива-Шанкара-Шамбху-Шарва-Махешвара (शिव शङ्कर शम्भु शर्व महेश्वर)...
1. И я вижу разницу, об этом и разговор.

А если взять за основу, что это именно для разграничения слов в печатном виде?
2. А почему ограничивать себя словами, где она вначале - это просто наиболее типичные примеры, однако ими список отнюдь не кончается.
2. Во первых "буква श" таки не "буква" в традиционном смысле этого слова. Однако много ли Вы знайте ситуаций, когда возникла бы необходимость транслитирировать слова शय्या शरण शरद? Я, честно, говоря, не один. Разве что शब्द да и только на обложке словаря.
3. Возразить пока не могу, однако, это, хотя и интересно, не имеет удельного веса.
4. А название прусов - пуруша... а дальше что? Самоназвания народов вещь, конечно, интересная, но отнюдь не простая, да и, пожалуй, почти бесполезная, если брать в учет.
5. Вот и это как раз мой конёк - именно в таких (отночительно) частотных словах (исходя из интереса определеных групп населения к определенным текстам), как शाक्यमुनि и शिव и श्लोक имеет значение заменить "ш" на "щ" - иначе человек может и не догадаться, почему не нашел нужное слово, не все же владеют "наречием браминов" в совершенстве, не так ли? Тогда, может, за одно среди Вас найдутся ретрогады, которые станут утверждать, что надо оставить исторически сложивщийся слово "брамин"... Вопрос не простой, но, теперь я все более и более склоняюсь, чтобы таки сделать эту замену. Однако принимаю и возражения и буду старатся честно на них отвечать.
См.
http://nagari.southindia.ru/BullerA4_Unit_41.pdf тут был вопрос с писанием имен собственных и вот как я его решил:
6. Не писать, например, город Таксила, и также не Taxila'ой, если, например, нужен другой чем именительный падеж, как делали лет 100 тому назад.
7. Писать их женевской транскрипцией, а после слово ставить тире, чтобы напомнить, что к слову надо присобачить еще и окончание, а не брать "как оно есть". Вопросов больше, чем ответов...