в каком смысле? ты таки вьехал ЛЕГАЛЬНО или НЕ ЛЕГАЛЬНО?
если легально, то ничего. тебе япония же официально выдала визу - документ подтверджающих твое право находиться в этой стране во время всего срока действия визы.
другое дело, что если ты опять ее просрочишь, то тогда там будут жесткие санкции.