1. ностратика занимается только лексическими единицами, и не уделяет никакого внимания морфологии и грамматическим структурам, в то время как лексика есть наиболее стремительно меняющаяся часть языка и даже слова из т.н. базового словаря могут заимствоваться и изменяться до неузнаваемости...
Вы уж извините, но этот тезис к ностратике не имеет вовсе никакого отношения. Если заглянуть в книжки Иллича-Свитыча, то и морфологическое членение и грамматическая связь там представлены вполне достойно: он, как известно, даже написал стих на ностратическом. Стих, в общем, не вполне правильный, но речь как бы не о том. А у Гамкрелидзе с Ивановым морфологии и грамматике посвящно треть книжки.
Что же касается лексики, то она в своем базовом словаре меняется со скоростью примерно 5% в тысячелетие, это легко демонстрируется множеством примеров. Если взять, к примеру, английский, то современный язык отличается от языка "Англосаксонских хроник" как раз на пять процентов, и сравните теперь их морфологию и грамматику.
Слова, конечно, могут меняться и порой довольно сильно, но всегда в рамках вполне определенных (или определяемых) закономерностей. Выявление таких закономерностей, или фонетических законов, является существеено более важной задачей, чем поиск похожих слов.
2. для положительного ответа на вопрос о родстве языков необходимым и достаточным является удовлетворение трех критериев:
сходная техника соединения морфем (агглютинация или фузия)... в качестве техники соединения морфем айнский язык использует только агглютинацию, поэтому его бесполезно сравнивать с индоевропейскими языками, где доминирующей техникой является фузия
...
3. даже если слова похожее значение и звучат похоже, то это ровным счетом ничего не значит, потому что они могут иметь совершенно разную историю...
4. набор звуков, которые может издавать человечская гортань, не бесконечен и весьма ограничен, поэтому очень велика вероятность случайных совпадений...
"сходная техника соединения морфем (агглютинация или фузия)... в качестве техники соединения морфем айнский язык использует только агглютинацию, поэтому его бесполезно сравнивать с индоевропейскими языками, где доминирующей техникой является фузия"
Это не так, мягко говоря. Все таки будет сильным преувеличением сказать, что в хинди или африкаанс фузия является доминирующей техникой. На самом деле все индоевропейксие языки демонстрируют утрату флексивности и потерю фузионных качеств. Легко проверить - сравните болгарский и русский, греческий и новогреческий. Или, на примере какой-нибудь хорошо аттестованной семьи, индоиранской скажем. Ведийский, древнеперсидский, авестийский и санскрит были крайне архаичны, в области морфологии прежде всего. Но уже средневековый слой - пехлеви, пракриты, хотано-сакский, согдийский и т.д. - демонстрируют господство совсем иных тенденций. Сложное изменение глагола по родам и числам заменилось обычной комплексной глагольной конструкцией, наподобие правильных английских глаголов, именное склонение приобрело аглютинативную форму с послелогами (или предлогами) и т.д.
Такое развитие морфологии и грамматики, кстати, вполне очевидно говорит против критерия сравнения словоформ - таковое сравнение не имеет никакой пользы, если не знать направления развития языка. Алтайские языки, вероятно, были изолирующими и стали агглютинативными. А китайские, напротив, были агглютинативными, а стали изолирующими, это еще старший Солнцев говорил.
А кроме того, известно, что языки при интенсивных контактах могут приобретать сходные морфологические и всякие иные свойства. Есть, например, балканский языковой союз (албанский, греческий, румынский, болгарский, македонский и некоторые сербскохорватские диалекты). Это языки довольно далеких подгрупп, но там начиная со средних веков происходили однообразные процессы, сводившиеся к синхронному возрастанию степени аналитичности и выпадению флексии.
Пп. 3 и 4 я бы выкинул на всякий случай, это банальность из учебника.