виза в Японию для граждан России - бесплатная, как вам уже пояснили
но проблема в том, что сделать ее самостоятельно практически невозможно, так как для получения визы нужен гарант, которым выступит либо частное лицо (гражданин Японии), либо японская турфирма
оформление визы через турфирму будет стоить вам полностью оплаченную турпоездку, то есть с перелетом и проживанием
правда вы здесь говорили о трех днях пребывания... такое возможно, если вы летите, скажем в Австралию, Новую Зеландию, Таити или еще куда, с пересадкой в Токио
в таком случае вы можете получить транзитную японскую визу на 72 часа, это возможно даже в аэропорту по прилете...
что касается услуг гидов - они, как говорилось выше, достаточно дороги... рассчитывайте на 250-300 долларов в день
но В Токио действительно - много чего посмотреть и даже самостоятельно вы не пропадете