Но почему-то там отсутствуют ba, ci, da, fa, ji, qi, ran, ta, xi, ya
Я понимаю, что спрашивать надо у составителей (если это они по невнимательности пропустили). Но мне все-таки кажется, они их специально пропустили, и я чего-то не понимаю. Может, вы понимаете?
Нда... ca, ka, ga, ha, pa, sa, na, ma и проч. тоже не вижу... Видимо, невнимательность. Ci, справедливости ради, все же там есть.
Русская транскрипция не приближена к кит. произношению, потому как это вообще маловероятно сделать
, а для написания имен и названий, как Вы правильно предположили.