1) Знаю прецедент, совершенно недавний, месячной давности.
Транзитная виза (G) была оформлена (ф. ГК КНР, Владивосток) именно под транзит на поезде. Турист оформил визу в Гонконг и одновременно с ней - транзитную (G) визу в Китай, на 7 дней. Правда, однократную, т.к. назад предполагается самолетный 24-х часовой вариант. К сожалению не могу уточнить, какие именно документы турист сдавал в консульство, но билета на поезд №97 "Пекин-Зап. - Цзилун" у него точно не было, он его самостоятельно купил в Пекине.
Предположу, что сам факт оформления гонконгской визы (и, наверное, план поездки?) явился достаточным основанием для консула к выдаче такой визы: гонконгскую-то тоже он выдавал
2) вариант 2 - проблем не возникнет. Делайте что хотите, но в пределах срока, разрешенного визой (кроме возвращения в ту же страну по суше и работы по найму, естессно). Никто совпадение заявленного и фактического маршрута проверять не будет.
3) Ваш хардкор-вариант через Гуанчжоу и т.п. точно не сработает: посмотрите топик по аэротранзиту - там даже штамп в паспорт другой ставится. А значит - последствия, ведь КПП въезда четко обозначен. А вот с вариантом с прямым поездом в Гонконг (Цзилун, он же Kowloon, он же Hung Hom) - очень даже может быть, но это надо проверять, по крайней мере, сейчас в аэропорту при безвизовом транзите дают устный инструктаж "не покидать аэропорт!", но то в связи с олимпиадой. Дело в том, что поезд идет без остановок, время в пути значения не имеет (а оно - около 24-х часов), НО - выездной паспортный контроль пассажиры поезда №99 проходят при посадке, т.е. на вокзале в Шанхае, - дальше поезд идет в режиме "закрытых дверей". Т.е. считаются покинувшими страну по факту посадки в него. То же самое - с пекинским поездом №97.
Одна вот засада: искомый поезд ходит через день, по четным или нечетным дням в зависимости от месяца. Смотреть надо на
http://www.it3.mtr.com.hk/B2C/UserPage/sysTimeTable_Eng.asp