Ну почему уж прям однозначно не стоит? В Киото съездить уже 26000 туда и обратно, из аэропорта на Нарита экспрессе 2700, и в Диснейленд 1000 туда и обратно + в Йокогаму и внутри Токио еще на несколько тысяч наберется.
Насчет поездок внутри Токио, Йокогамы и из аэропорта до Токио - доплачивать не нужно, пока вы едете поездами JR. Помимо JR, в Токио наверное порядка 10, если не больше, железнодорожных компаний наберется, и на них пасс не действует.
В Green Car лично я не ездил, но насколько знаю, там народу обычно меньше, а сиденья чуть шире, как и расстояние между рядами. То есть разница в комфорте небольшая, судя по всему.
Бронь по jr pass осуществляется бесплатно.