rfx, к вашему мнению (с которым я согласен), могу добавить только что даже использование IPA вряд ли было оправданным, из-за того что он слишком точно описывает механизм произнесения звука. Знаки каны, сгрупированные в годзюон, своим положением в таблице дают лишь приблизительное указание на то, как должен произносится звук, но при этом строго определяют фонетическую логику японского языка.
Что имеется в виду под "фонетической логикой"?
В первую очередь, главенствующее положение гласных あいうえお. Недаром гласные в японском называются 母音 (материнские звуки), в отличие от согласных - 子音 (дочерних звуков). В мире существуют языки, где согласные являются доминирующими настолько, что гласные на письме вообще не указываются, так называемое "консонантное письмо", к которому как раз и можно отнести арабскую графику, иврит и другие языки. В таких языках, точное произношение согласных играет главную роль в передаче смысла. В японском же гласные (а также их долгота) несут основную нагрузку по передаче смысла, при этом согласные могут произносится немного по разному в зависимости от диалекта, и даже в пределах одного и того же диалекта.
Порядок рядов каны あかさたな определяет место во рту, где произносится согласная соответствующего ряда: от чисто гласного ряда (где в произношении участвуют только голосовые связки), затем ряд か (звук произносится с помощью заднеязычной смычки), ряд さ （переднеязычный звук - язык касается нёба за передними зубами), ряд た (язык касается передних зубов) и далее от зубных к губным согласным. То есть порядок группировки соответствует смещению места произношения звука от гортани по направлению к зубам и губам. Ряд は выбивается из этой логики, но исторически это был губной звук (поэтому ふ произносится губами как ФУ, 日本 может произносится как ниппон, а озвончение ряда дает опять же губной звук ば БА).
То есть, исходя из японского понимания фонетики, как бы ты не произносил согласный звук, если положение языка примерно соответствует указанным в годзюон границам, то допускаются аллофоны (то есть разные по сути звуки, но эта разница не будет влиять на смысл). Поэтому японцы не чувствуют разницу между Р и Л (ведь положение языка при этом почти одинаковое) и к примеру 空 СО-РА может произносится японцами вполне отчетливо как СО-ЛА, но эту разницу улавливают только иностранцы.
Что касается СИ и SHI, то конечно японцы в абсолютном большинстве произносят звук с характерным шипением (но это переднеязычный-передне-небный по способу произношения звук в отличие от русского ЩИ), тем не менее это шипение не столь важно, и чистое СИ также будет приемлемым в рамках японской фонетической логики звуком для этого согласного. Русское ШИ чуть ближе чем ЩИ по месту произнесения согласного, но при этом портится гласный - И становится Ы, что не приемлемо, так как правильное произношение гласного должно оставаться приоритетным.
Аналогично для ТИ и CHI.
Транслитерация Хэпберна немного облегчает жизнь неподготовленным англофонам, так как помогает им произносить более-менее приближенно к нормальному японскому, чем если бы они пытались сразу читать Кунрэй-сики или Нихон-сики. Тем не менее, сами же американцы признают недостатки Хэпберна (как с точки зрения передачи морфологии японских слов, так и с точки зрения правильного произношения), поэтому именно для людей серьезно изучающих японский и его фонетику существует например JSL Romanization (на основе Нихон-сики, к слову). Использование Хэпберна в русскоязычных учебных материалах - это скорее показатель упадка российской японистики.
п.с. что касается набора в IME, то лично я набираю し как si, а ち как ti, что позволяет сэкономить лишнее движение пальцем и не набирать h.
