Какое же тут "от простого к сложному", когда тонкости различий между に и で оказываются так сложны...
Ну именно потому что все действительно не так просто и существует система преподавания японского языка, выверенная на многолетней практике...
Тут Вам уже сказали, что вопрос различий между は и が по сути еще более сложный момент, чем тот, который привлек Ваше внимание! НО, дело в том, что всего на одном занятии не рассказать и только в одном правиле не описать, кроме того существуют и исключения из правил, которые запоминаются только с практикой... (Вернее правило такое одно сделать можно... Другое дело, что выучить его, да еще и пользоваться им на практике станет нереально сложной задачей...)
А разве не から? Именно в этом состояло замешательство.
Ну если вернуться к Вашему первоначальному вопросу
Кроме того, в случае 〈ある車〉を降りる используется вообще ни то, ни другое...
то Вы в нем вроде как не спрашивали о схожести を и から...
Действительно, иногда возникает неприятное ощущение, что падежные окончания を и から как бы дублируют друг друга.
Чтобы не путаться, стоит еще раз обратить внимание на то, какое явление Вы хотите выразить словами...
Если Вы хотите сказать, что объект "покидает какое-то место, аналогично выходит за его пределы", то стоит использовать を, если Вы хотите сказать, что объект отправился из какого-то места как отправной точки движения, то используется から.
Пример : この電車は、東京を出ますと、次は横浜に止まります。 Этот поезд, отправившись из Токио (покинув Токио), имеет следующую остановку в Йокогаме.
横浜に行く電車は6番ホームから出ます。 Поезд на Йокогаму отправляется с 6-й платформы (начинает свое движение от 6-й платформы).
Надеюсь, что данным примером мне не удалось еще больше запутать ситуацию...
Примечание :
При этом нужно отметить, что глагол-то тут используется один и тот же... Как Вам уже писали выше, в японском языке не все определяется исключительно одним глаголом! Стоит каждый раз задаваться вопросом, а что именно Вы хотите сказать и о каком объекте...
Кажется так...