Здравсвуйте, Mike!
Не поделитесь личным опытом, как выходили из гражданства РФ? Из ваших слов вроде бы выходит, что в посольстве. Если так, были ли вы зарегестрированны на пмж в Японии?
Нам тут вышло счастье из 法務局, но уж очень не хочется дважды летать в Россию всей семьёй, а на сайте посольства написанно, что они отпускают грехи только тем, кто здесь на пмж.