У Вас забавная логика. Из того, что далеко не всегда в таких "парах-тройках" интонационное ударение разное, совсем не значит, что оно одинаковое всегда.
Бывают случаи, когда одинаковое, а бывают, когда оно разное. Примеры случаев одинаково ударения ничего не доказывают. Точно так же, как пример со словом "коса", которое в русском языке произносится одинаково в разных смыслах, совсем не отрицает того, что в слове "замок" следует ставить разное ударение в зависимости от его смысла.
Никто и не говорит, Кейниян, что смыслоразличение всегда производится только по интонационному ударению. Разумеется, оно производится и по контексту, - часто по контексту в первую очередь. Но в тех случаях, когда интонационное ударение разное, оно производится и по ударению, иногда - только по ударению.
И утверждение, что интонационное ударение различается только между регионами, говорит только о том, что Вы просто не представляете себе существа вопроса. Два основных словаря ударений, использующихся в Японии, относятся к ударениям именно внутри стандартного японского языка. Точнее говоря, классический "Словарь ударений японского языка", выпущенный NHK, дает ударения для 標準語, а словарь под ред. профессора Киндаити - ударения для "токийского диалекта". Кроме этого действительно существуют словари диалектных ударений, но именно кроме ударений стандартного японского языка.
П. С. Разговоры о том, кто какую школу заканчивал советую оставить для тех, кто приемлет Вашу фамильярную манеру общения.