Насколько я помню, в совр. научной лит-ре считается примерно следующее:
все действующие лица в яп. предложении стоят в иерархических отношениях. 1-е лицо выше 2-го, 2-е выше 3-го. Это означает, что если в предложении есть "я", то это "я" всегда будет на "главной" позиции в предложении. Отсюда очень много "пассивных" конструкций. С первым лицом просто невозможно сказать "машина задавила меня". Тем более, что субъект в таком предложении - неодушевленный, а японский язык очень трепетно относится к разнице между одушевленным и неодушевленным деятелем. Неодушевленные деятели в позиции ga сами по себе (отдельно стоящие) в предложении с переходным глаголом в японском практически невозможны.
Т.о. ga - показывает самый "важный" член предложения, o - менее важный, ni - третий по важности. Эти частицы строго говоря не имеют в европейских языках вообще никаких аналогий, т.к. в европейских языках нет такой иерархии членов предложения.
Эта же иерархия объясняет ненужность обычных европейских местоимений в японском. Любое утвердительное предложение в японском по умолчанию будет о первом лице, любое вопросительное - о втором, а третье лицо все равно обычно указывается изначально через существительное.
Далее. О "я боюсь собак", "У меня болит живот" и тд.
Вынос в позицию ga такого широкого спектра существительных становится возможным только благодаря "сужению" "поля зрения" с рамок всего мира до рамок одного человека через частицу wa.
itai (изначальное предложение без ненужного лич. местоимения) —> watashi ga itai —> watashi wa itai —> watashi wa onaka ga itai
onaka занимает первую доступную по иерархии позицию, т.к. основной субъект (я) вынесен вовне, в позицию wa.