А в чем заключается вопрос? Как подсчитать количество мор в слове что ли?
Не знаю что имеет в виду Нечаева, но, насколько я понимаю, общее мнение по этому поводу состоит в том, что одна мора соответствует одному знаку слоговой азбуки.
Таким образом,
いか - две моры
いきおい - четыре моры
えいがくかい -шесть мор.
Если же цифры проставлены чтобы показать тональное ударение по морам, то я либо чего-то не понимаю в такой системе обозначения, либо ударение проставлено неправильно (если сравнивать с эталонным Эн-Эйч-Кей Аккусэнто).
EDIT: Все ж таки подозреваю, что цифры показывают на какую по счету мору падает "силовое" ударение, а буквы в скобках указывают те моры которые произносятся высоким тоном.
Так как нюансы тональности начинающим (да и продолжающим тоже) понять сложно, то видимо в системе Нечаевой просто предлагается делать силовое ударение на соответствующую мору.