chm это ведь обычный html в конечном итоге, а html можно сформировать по-разному, в том числе и так что он не будет реагировать на увеличение шрифта в internet explorer ...
А не пробовал поставить схему "Крупный шрифт" в самом виндузе? (В настройках desktop), Правда шрифты в менюшках поплывут, но может подействует на IE? ...
И еще - как-то в подобном случае (правда там был не chm) я пользовался микрософтовским magnifier из папки accessibility - вполне неплохо увеличивает, правда некузяво смотрится конечно ...