Есть, есть в Москве турфирмы, которые могут оформить визу в Японию, даже если билеты покупаешь сам и отель бронируешь самостоятельно. Только там это удовольствие стоит 10 тыс. рублей (по состоянию на ноябрь 2009 года). Причем никакой ПРОПЛАЧЕННОЙ брони отеля никто от вас не требует, достаточно дат вьезда-выезда и названия отеля. Дороговизна отеля роли не играет, это может быть и dorm.
Вообще, что хорошо в японских отелях - они не сразу снимают деньги за бронирование. Так что всегда можно передумать (только уведомить их заблаговременно - за сутки, как правило), тогда они даже не штрафуют.
Конечно, купить целиком тур - самый гладкий и удобный для турфирмы вариант.
В основном, турфирмы могут визу оформить, если будет их отель. Тогда оплачивать отель надо будет сразу. При этом есть турфирмы, которые готовы рассмотреть и ваш список отелей, и выбрать из него то, что устроит и вас, и их. Надо просто не в одну-две компании звонить, а по максимуму все попытаться узнать. Да, турфирмам это не очень интересно, поэтому они ленятся это все делать, но не везде же ленивые менеджеры работают!