Думаю, что тут все несколько хитрее, и без мнения консульства все же не обошлось.
fuga, Вам при подаче документов какой кружочек в штампике рядом со штрих-кодом обвели? "А" или "В"?
когда подавала во владике по етим документам (они сказали или лично присутствовсть или вы к нам не относитесь,пересилаите в москву),тогда они отметили А.
А в москве после отказа стоит С.
А правда,что ето значит??? 
А,В,С 
?
Про А насколько я помню ето разрешена переподача етих же документов!!!???
А, ну значит так оно и есть:
А - документы приняты без замечаний со стороны консульства;
В - документы направлены на дополнительное рассмотрение (может быть - затребованы дополнительные документы или доказательства)
С - в визе официально отказано, и повторная подача документов в связи с этим, не ранее, чем через полгода.
Как я понимаю, изменения в этом "статусе" могут быть на любом этапе, т.е., если МИДу в Токио что-то не понравится (гарант подозрительным показался, что-то не соблюдено (а консульство пропустило), и т.п., то "А" может легко превратиться в "С".
Есть варианты штампиков, где "А", "В", и "С" идут уже с пояснениями.
Для чего все это? Как мне кажется, для сотрудника иммиграционного контроля на въезде, дабы тот ориентировался насколько straitforward оформлена виза, ну и к сведению при подаче документов на последующие, разумеется.
