Про Никко ничего сказать не могу, но вот насчет Хаконе и Камакура - если туда ехать на Odakyu-sen, то точно есть какая-то льготная скидка за round trip, причем в случае с Хаконе она будет включать возможность использования обратного билета на следующие сутки, а в Камакура дает возможность неограниченного проезда местной линией ("трамвайчиком"). Подробностей сейчас сказать не могу, но вот проспекты об этом самолично брал в инфо-центре в Tokyo Metropolitan Government Office (to-chuo).
Что до расписаний, то они легко ищутся на jorudan.co.jp даже в несколько несуразной англоязычной версии сайта. (Обычно англоязычный сайт предлагает лишь самый быстрый маршрут, в то время как японская версия выдает кучу вариантов)